Τα κεφάλαια του Ειδικού Λογαριασμού κατατίθενται σύμφωνα με το ισχύον κανονιστικό πλαίσιο σε λογαριασμό Τράπεζας με τίτλο «Ειδικός Λογαριασμός Κονδυλίων Έρευνας» (Ε.Λ.Κ.Ε.) και αναλαμβάνονται και διατίθενται με ειδικές εντολές του Προέδρου ή άλλου εξουσιοδοτημένου μέλους της Επιτροπής. Η κίνηση του Ειδικού Λογαριασμού γίνεται χωρίς καμία αναφορά ή περιορισμό από τις διατάξεις του δημόσιου λογιστικού και ο τακτικός έλεγχος διαχείρισης πραγματοποιείται από Ορκωτούς Λογιστές. Πόροι του Ε.Λ.Κ.Ε. είναι κεφάλαια τα οποία προέρχονται από διάφορους φορείς όπως Υπουργεία, Ευρωπαϊκή Ένωση, ιδιώτες και διεθνείς οργανισμούς.
Ο Ειδικός Λογαριασμός Κονδυλίων Έρευνας (Ε.Λ.Κ.Ε.) του Ι.Π. προτίθεται να καταρτίσει με την Τράπεζα που θα προσφέρει τη συμφερότερη προσφορά 5ετή σύμβαση, η οποία δύναται να παραταθεί για μια 3ετία με γραπτή συμφωνία των συμβαλλομένων.