Το Τμήμα Ιστορίας της Σχολής Ιστορίας και Μετάφρασης−Διερμηνείας του Ιονίου Πανεπιστημίου οργανώνει και λειτουργεί από το ακαδημαϊκό έτος 2014−2015 αναμορφωμένο το Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) με νέο τίτλο «Ιστορία και Τεκμηρίωση», σύμφωνα με την υπ. αριθμ. 114020/B7/21-07-2014 (ΦΕΚ2057/29-07-2014, τ.Β') Υ.Α. (κωδικός έργου ΕΛΚΕ 80246, 80264). Το Τμήμα επανιδρύει το  ΠΜΣ «Ιστορία και Τεκμηρίωση» (History and Documentation), από το ακαδημαϊκό έτος 2018-2019, σύμφωνα με την υπ. αριθμ. 2284/26-06-2018 απόφαση της Συγκλήτου του Ιδρύματος (ΦΕΚ 3028/27.07.2018, τ. Β’) (κωδικός έργου ΕΛΚΕ 80453).

Το Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΠΜΣ) στη «Ιστορία και Τεκμηρίωση», έχει ως αντικείμενο την εμβάθυνση και την ερευνητική ενασχόληση με τομείς της Ιστορίας στις ακόλουθες κατευθύνσεις: α) Ιστορία της Αρχαιότητας, β) Βυζάντιο και Δυτικός Μεσαίωνας και γ) Νεότερη και Σύγχρονη Ιστορία.

Στόχος του είναι η επιστημονική και επαγγελματική κατάρτιση, καθώς και η προαγωγή της επιστημονικής γνώσης των φοιτητών στις αντίστοιχες περιόδους της Ιστορίας και περιλαμβάνει τα ακόλουθα στάδια:
1) Εξοικείωση των σπουδαστών με την μεθοδολογία, τα εργαλεία καθώς και τα προβλήματα της έρευνας της Ιστορίας.
2) Εφαρμογή σύγχρονων αναλυτικών και συνθετικών μεθόδων και τεχνικών στο πεδίο των Ιστορικών Σπουδών.
3) Προαγωγή της επιστημονικής γνώσης κυρίως μέσω της διεπιστημονικής συνεργασίας και του διαλόγου με συγγενικούς για το κάθε γνωστικό πεδίο κλάδους.