Για την εκκαθάριση των αμοιβών που αφορούν συμβάσεις μελών ΔΕΠ του Ιονίου Πανεπιστημίου ακολουθείται η κάτωθι διαδικασία:
- ο ΕΛΚΕ του ΕΑΠ αποστέλλει τις σχετικές πιστώσεις, καθώς και τα απαιτούμενα δικαιολογητικά προς τον ΕΛΚΕ Ι.Π.
- Το Τμήμα Ταμειακής Διαχείρισης του ΕΛΚΕ Ι.Π. καταχωρίζει τις άνω πιστώσεις στο πληροφοριακό σύστημα και ενημερώνει σχετικά το ταμείο.
-Το Τμήμα Διοικητικής Υποστήριξης και Διαχείρισης Προσωπικού παραλαμβάνει όλα τα ανωτέρω αναφερόμενα δικαιολογητικά και πραγματοποιεί τη συμβασιοποίηση των ποσών.
-Το Τμήμα Παρακολούθησης συντάσσει τη σχετική εντολή πληρωμής και η διαδικασία ολοκληρώνεται με την υπογραφή της εντολής πληρωμής από τον Επιστημονικό Υπεύθυνο.
-Μετά την υπογραφή καταχωρίζεται η εντολή πληρωμής στο πληροφοριακό σύστημα του ΕΛΚΕ Ι.Π. και εκδίδεται το σχετικό χρηματικό ένταλμα πληρωμής.
-Τέλος και αφού ολοκληρωθούν αρμοδίως οι διαδικασίες ελέγχου και υπογραφής των απαιτούμενων εγγράφων αποστέλλονται τα αρχεία αμοιβών στην Ενιαία Αρχή Πληρωμών.
Σημειώνεται ότι οι πληρωμές των αμοιβών πραγματοποιούνται από την Ενιαία Αρχή Πληρωμών στις ημερομηνίες που ακολουθεί ο εν λόγω φορέας.