Η «Υποδομή Εφαρμογών Μικροβιώματος σε Συστήματα Τροφίμων (Infrastructure of Microbiome Applications in Food Systems)» με ακρωνύμιο FOODBIOMES αποσκοπεί στο να αποτελέσει κύριο πυλώνα για τον Εθνικό, αλλά και τον Ευρωπαϊκό και το Διεθνές Χώρο Έρευνας, συμβάλλοντας στην αποτελεσματική λειτουργία του τριγώνου της γνώσης «Εκπαίδευση – Έρευνα – Καινοτομία». Η FOODBIOMES θα αποτελέσει μία από τις βασικές ερευνητικές υποδομές της χώρας στον τομέα της Αγροδιατροφής, ενός τομέα που αποτελεί βασική προτεραιότητα της προγραμματικής περιόδου 2014-2020 για το σύνολο της Ελλάδας, σύμφωνα με τα αποτελέσματα της εθνικής Στρατηγικής Έξυπνης Εξειδίκευσης (RIS3). Ο ρόλος της υποδομής FOODBIOMES αποκτά ιδιαίτερη σημασία και όχι μόνο επειδή δρα σε μία από τις πιο σημαντικές προτεραιότητες της χώρας, αλλά, επίσης, γιατί η αγροδιατροφή αποτελεί έναν από τους πιο σημαντικούς κλάδους παγκοσμίως, δεδομένων των εκτιμήσεων για περιορισμένη προσφορά σε τροφή στις επόμενες δεκαετίες, λόγω της συνεχής αύξησης του πληθυσμού, αλλά και της επίδρασης της διατροφής στην υγεία και ευεξία του ανθρώπου.
Βασικό αντικείμενο της Πράξης FOODBIOMES αποτέλεσε η αξιοποίηση των εφαρμογών του μικροβιώματος στα συστήματα τροφίμων για την ενίσχυση της λειτουργικής τους επίδρασης και την παραγωγή νέων προϊόντων με ανώτερα ποιοτικά και λειτουργικά χαρακτηριστικά, την τεκμηρίωση της αυθεντικότητας, τη βελτίωση παραδοσιακών τεχνικών παραγωγής και μεταποίησης και την παραγωγή νέας γνώσης για την επίδραση νέων καινοτόμων συστατικών στο μικροβίωμα και στην υγεία του ανθρώπου.
Η Ευρωπαϊκή Επιτροπή έχει αναγνωρίσει τη σημασία του μικροβιώματος χρηματοδοτώντας σε διάφορους άξονες του FP7, περίπου 220 έργα που αφορούν το εν λόγω πεδίο, με συνολικό ύψος πλέον των 500 εκατομμυρίων ευρώ. Αξίζει να σημειωθεί ότι σημαντικό ποσοστό των έργων που έχουν χρηματοδοτηθεί αφορούν το ρόλο του μικροβιώματος και τις δυνατότητες αξιοποίησής του στην πρωτογενή παραγωγή και στην βιομηχανία των τροφίμων. Στην Ελλάδα, ωστόσο, παρόλο την πολύ ισχυρή επιστημονική παρουσία στον τομέα των τροφίμων, καθώς και την ενασχόληση πολλών ομάδων με εμπειρία στην ανάλυση του μικροβιώματος, προς το παρόν τουλάχιστον, η δραστηριότητά στον τομέα αυτό εμφανίζεται αναιμική και κατακερματισμένη, ενώ οι οικονομικές επιπτώσεις στην ελληνική βιομηχανία τροφίμων είναι περιορισμένες.

Η Πράξη υλοποιήθηκε σε δώδεκα (1) Υποέργα συνολικού αρχικού προϋπολογισμού 3.943.705,00€ με την συνδρομή των: Ειδικός Λογαριασμός Κονδυλίων Έρευνας Δημοκρίτειου Πανεπιστημίου Θράκης,  Ειδικός Λογαριασμός Κονδυλίων Ερευνών Δημοκρίτειου Πανεπιστημίου Ιωαννίνων, Ειδικός Λογαριασμός Ερευνών Πανεπιστημίου Αιγαίου.

Ο Εικός Λογαριασμός Κονδυλίων Έρευνας Ιονίου Πανεπιστημίου υλοποίησε τα υποέργα 03 (αυτεπιστασία, Π/Υ 550.304,52€, κωδ. ΕΛΚΕ 80506), 08 και 12 (προμήθεια, Π/Υ 422.996,31€, κωδ. ΕΛΚΕ 80507)