Το Τμήμα Μουσικών Σπουδών της Σχολής Μουσικής και Οπτικοακουστικών Σπουδών του Ιονίου Πανεπιστημίου οργάνωσε και λειτούργησε από το ακαδημαϊκό έτος 2014-2015 έψς το ακαδημαϊκό έτος 2017-2018  Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΠΜΣ) σύμφωνα με την υπ. αριθμ.107378/B7/10.07.2014 (ΦΕΚ 1965/21.07.2014, τ. Β’) Υ.Α..

Το Π.Μ.Σ. απένειμε Μεταπτυχιακό Δίπλωμα Ειδίκευσης (Μ.Δ.Ε.) στις παρακάτω κατευθύνσεις:
1) Κατεύθυνση Μουσικής Δημιουργίας, με ειδικεύσεις:
α) «Σύνθεση Ενόργανης και Φωνητικής Μουσικής»
β) «Σύνθεση για τον Κινηματογράφο, το Θέατρο και τις Τέχνες της Παράστασης»
γ) «Σύνθεση Ηλεκτροακουστικής Μουσικής»
2) Κατεύθυνση Μουσικής Ερμηνείας, με ειδικεύσεις:
α) Όργανα ορχήστρας (στο εκάστοτε όργανο)
β) Πληκτροφόρα όργανα (στο εκάστοτε όργανο)
γ) Νυκτά έγχορδα (στο εκάστοτε όργανο)
δ) Παιδαγωγική μουσικού οργάνου (στο εκάστοτε όργανο)
ε) «Παλαιά Μουσική» (είναι δυνατή η ειδίκευση σε συγκεκριμένο όργανο)
στ) «Μονωδία»
ζ) «Διεύθυνση Χορωδίας Παλαιάς Μουσικής»
η) «Διεύθυνση Παιδικής και Σχολικής Χορωδίας»
θ) «Διεύθυνση Ορχήστρας»
3) Κατεύθυνση Μουσικολογίας, με ειδικεύσεις:
α) «Μουσικολογία: Νεοελληνική Μουσική»
β) «Μουσικολογία: Βυζαντινή Μουσική»
γ) «Μουσικολογία: Ελληνική Παραδοσιακή Μουσική»
δ) «Μουσικολογία: Αρχαία Ελληνική Μουσική»
4) Κατεύθυνση Μουσικής Τζαζ, με ειδικεύσεις:
α) «Πρακτική και Διδασκαλία της Τζαζ»
β) Εκτέλεση Τζαζ (στο εκάστοτε όργανο ή στο τραγούδι).